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30 Settembre 2006

Utilizzo clinico di una banca dati ovvero, come si usa Pubmed

di G. Lodi


Non c’è odontoiatra che negli ultimi anni non abbia sentito parlare di banche dati biomediche (Bdb): a un corso di aggiornamento o in un editoriale di una rivista, da un collega un po’ “nerd” o nella monografia relativa a quel nuovo collutorio, le Bdb sono di volta in volta descritte come fonte di eterno sapere, strumenti irrilevanti per il lavoro del clinico, sofisticate risorse on line o supporto scientifico a prodotti di dimostrata efficacia.

Ma cosa sono esattamente le Bdb? E sopratutto, sono strumenti utili per l’odontoiatra?
Le Bdb sono una versione digitale degli schedari che nell’era pre-informatica permettevano ai frequentatori delle biblioteche di verificare la presenza e la disponibilità di un certo volume. Come il bibliotecario, per ogni nuovo volume acquisito, compilava una schedina cartacea che ne conteneva le informazioni essenziali e che veniva inserita nello schedario, così, per ogni articolo pubblicato dalle rivista monitorate, l’archivista della Bdb compila le sezioni (campi) di una scheda elettronica (record) che rappresenta l’unità di base della Bdb.



Attualmente PubMed, la più importante tra le banche dati biomediche, è formata da più di 16 milioni di queste unità, di cui poco meno di mezzo milione facenti riferimento ad articoli pubblicati da riviste odontoiatriche.

Ma quanti sono gli odontoiatri utilizzano le Bdb?
Pochi probabilmente se due terzi dei dentisti inglesi afferma di usare genericamente internet per l’aggiornamento non più di una volta al mese (Br Dent J 2006; 200:161-5). Mancano dati sui colleghi italiani, ma visto l’ulteriore ostacolo rappresentato dall’inglese è difficile aspettarsi una performance migliore. Gli ostacoli all’uso delle Bdb che più spesso vengono indicati dai colleghi sono anche la scarsa dimestichezza con il software di ricerca e la conseguente difficoltà a selezionare i record “giusti” e l’impossibilità di recuperare le versioni integrali degli articoli.
Per quanto riguarda l’inglese è ovvio che, se si è completamente a digiuno, difficilmente si riuscirà a utilizzare con successo le Bdb, in quanto l’inglese è ormai la lingua ufficiale della ricerca biomedica; bisogna dire tuttavia che l’inglese scientifico è molto semplice e utilizza un vocabolario che comprende moltissimi lemmi che suonano come i corrispondenti italiani, inoltre in qualche caso ci possono venire in soccorso strumenti di traduzione, come per esempio quelli disponibili alla pagina di Google.

UN ESEMPIO PRATICO

La difficoltà all’uso invece è un non-problema. Se infatti facciamo riferimento a PubMed, che come abbiamo già detto è La banca dati per il clinico, il software messo a punto in quindici anni di continui aggiornamenti dal National Institute of Health (Nih) è ormai così sofisticato da essere in grado di elaborare autonomamente una strategia di ricerca a partire da poche parole.

Proviamo a immaginare uno scenario clinico verosimile. Ipotizziamo di dovere trattare un paziente che necessita alcune estrazioni, ma che, a causa della terapia con anticoagulanti orali, è a rischio di emorragia. Ricordiamo che nel reparto ospedaliero che frequentavamo qualche anno fa, questi pazienti sospendevano gli anticoagulanti il giorno prima dell’intervento,ma anche che il collega da poco laureato ci ha detto che l’approccio corrente è di non sospendere né modificare la terapia anticoagulante. Vediamo se PubMed può aiutare.

Digitando l’indirizzo abbreviato www. pubmed. org ci colleghiamo molto rapidamente al sito dell’Nih e inseriamo nella barra di ricerca le prime tre parole che ci sembrano meglio rappresentare il problema che stiamo affrontando: tooth extraction anticoagulants.  ( Figura sottostante)



Il tempo di premere il pulsante “Go” e compare sullo schermo un elenco di 208 citazioni in ordine di data di pubblicazione a partire dalla più recente.  ( Figura sottostante).

Cosa è successo? Che PubMed ha tradotto il nostro elementare elenco di parole in una molto più sofisticata strategia di ricerca che prevede l’uso differenziato di parole chiave (MeSH Terms) elementi testuali (Text Word) legate tra loro da operatori booleiani (AND e OR. Figura sottostante).



Fino a qualche tempo fa era chi consultava la Bdb che doveva avere familiarità con parole chiave, ricerche testuali e operatori booleani, pena l’impossibilità di ottenere risultati. Oggi come abbiamo visto si può anche fare a meno di queste nozioni. Almeno per cominciare, perché se invece si desidera sfruttare al massimo le potenzialità di questa o di altre Bdb, è necessario conoscere le diverse tecniche di ricerca e sapere disegnare strategie di ricerca adatte ai nostri bisogni.

Cliccando su una delle citazioni dell’elenco che dal titolo ci pare piuttosto indicativa (“Remove the tooth, but do not stop the warfarin” ovvero “Estrai il dente ma non sospendere il warfarin”), si apre una finestra in cui è possibile leggere il riassunto (Abstract) e le altre informazioni contenute nel record, oltre che un nuovo elenco di citazioni (Related articles), che PubMed seleziona automaticamente tra quelle che trattano argomenti attinenti il record aperto e quindi potenzialmente interessanti. ( Figura sottostante)



Che fare però se le informazioni contenute nell’abstract non sono sufficienti e si desiderasse leggere l’intero articolo?
La risposta più ovvia sarebbe quella di andare nella più vicina biblioteca biomedica e leggere l’articolo. Purtroppo però questo non è sempre possibile, anzi, il più delle volte la mancanza di tempo o la distanza o la difficile reperibilità delle riviste, rendono la soluzione “tradizionale” non praticabile.

Quali sono le alternative?

Come abbiamo già visto PubMed non è una raccolta di articoli e quindi non fornisce direttamente i testi completi, oggi però numerose riviste scientifiche si sono dotate di un sito internet dal quale scaricare le versioni elettroniche dell’articolo. Nella maggior parte dei casi, se questa opzione è possibile, PubMed inserisce nella finestra contenente l’abstract anche il link alla pagina da cui è possibile accedere alla versione integrale che, a seconda della politica editoriale della rivista, può essere riservata ad abbonati o richiedere il pagamento di una decina di euro, ma che non di rado è gratuito per tutti. In pochi secondi siamo passati dalla formulazione del nostro problema, che abbiamo tradotto in tre parole, all’articolo in versione integrali e in cui, con un po’ di fortuna, troveremo informazioni utili alla soluzione del nostro problema clinico.
Nel nostro esempio la rivista Australian family physician mette gratuitamente a disposizione le sue pubblicazioni, fornendoci in questo caso una breve ma aggiornata revisione della letteratura, che, basandosi su alcune delle migliori ricerche sull’argomento, arriva alla conclusione che è meglio non modificare la terapia anticoagulante al nostro paziente, dal momento che “un accidente vascolare è un evento catastrofico, mentre il sanguinamento di un alveolo è raramente un problema e in genere è facile da controllare”. Niente di più saggio ed evidence based(Figura sottostante).



Ovviamente non tutto è semplice come nel nostro esempio. Può capitare che la ricerca non ci fornisca citazioni utili, magari perché abbiamo scelto le parole sbagliate o il software non le ha tradotte correttamente. In questo caso maggiore è la dimestichezza con lo strumento, maggiore saranno le possibilità di successo. Infatti le tecniche di ricerca e le opzioni che possiamo impiegare per selezionare i risultati utili sono innumerevoli e mani esperte possono trasformare un complesso problema clinico in una efficacissima strategia di ricerca.

Più semplice è il caso in cui conosciamo alcuni dati relativi a un articolo e desideriamo ottenere il record di PubMed e magari il collegamento alla versione integrale. Poniamo il caso di voler rintracciare l’articolo sull’uso di internet da parte degli odontoiatri inglesi a cui si fa riferimento all’inizio di questo articolo e che nel testo è indicato con Br Dent J 2006; 200:161-5, ovvero con l’abbreviazione della rivista su cui è stato pubblicato (in questo caso il British Journal of Dentistry), l’anno di pubblicazione (2006), il volume della rivista (200) e la pagina iniziale e finale (161 e 165 rispettivamente). Quello che dobbiamo fare è cliccare su Single Citation Matcher sulla barra blu alla sinistra della pagina di apertura e, una volta aperta questa pagina speciale per la ricerca di record, inserire i dati relativi all’articolo negli spazi corrispondenti ( Figura sottostante).



E in un attimo PubMed individuerà tra i sedici milioni di record quello i cui dati bibliografici corrispondono a quelli da noi inseriti. Abbiamo letteralmente trovato un ago in un pagliaio! ( Figura sottostante).




APPROFONDIMENTI

Per saperne di più

Per chi ne volesse saperne di più consigliamo:
  • le ottime lezioni online a cui si può accedere cliccando sul pulsante Tutorials della pagina iniziale di PubMed (sulla fascia blu a sinistra);
  •  la lettura di “GP Pini Prato e M Esposito (a cura di) - "Come cercare, leggere e interpretare l’articolo scientifico 2005 Società Italiana di Parodontologia e Masson Editore”;
  • i corsi organizzati dalle università o dai centri di ricerca della vostra regione.

Qualche numero

Alcuni numeri di PubMed (settembre 2006):
  • oltre 16 milioni di record tratti da più di 5.000 riviste;
  • un milione e mezzo di record da cui è possibile accedere all’articolo integrale e gratuito;
  • quasi mezzo milione di record tratti da riviste odontoiatriche;
  • più di 6.000 record tratti da riviste odontoiatriche e da cui è possibile accedere all’articolo integrale e gratuito.

Non solo Pubmed

PubMed non è la sola banca dati che possa risultare utile a un clinico. Ne esistono altre, ognuna con caratteristiche specifiche. Eccone alcune:
-EMBASE (www.embase.com)

Questa banca dati è particolarmente indirizzata alle pubblicazioni che riguardano gli studi di medicina e farmacologia. È a pagamento.

-Cochrane Library (www.thecochranelibrary.com)
In questo caso la Bdb non è una sola, in quanto la Cochrane Library dispone di diverse risorse bibliografiche, tra cui la raccolta delle revisioni sistematiche prodotte dalla omonima organizzazione internazionale.
È gratuita solo per gli operatori sanitari dei paesi in via di sviluppo.
-Highwire (highwire.stanford.edu)

Questa è la banca dati a cui vi dovete rivolgere se state cercando qualiriviste on line sono disponibili gratuitamente. E ovviamente è a sua volta gratuita.

GdO 2006; 13

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