L'infezione postoperatoria è una complicanza abbastanza rara in chirurgia orale e generalmente è controllabile attraverso la semplice prescrizione di una corretta terapia antibiotica, associata eventualmente al drenaggio chirurgico della raccolta ascessuale. Secondo la maggior parte degli autori, una complicanza infettiva si verifica solo nell'1-6% delle avulsioni dei terzi molari inferiori e in percentuale molto inferiore per i terzi molari superiori e per gli altri elementi dentari.

La prescrizione antibiotica preventiva deve essere quindi limitata ai pazienti immunocompromessi, o comunque ad alto rischio infettivo, e nei casi di chirurgia dento-alveolare complessa (significativa ostectomia e notevole durata dell'intervento chirurgico). Questo perché la bassa incidenza del fenomeno infettivo non giustifica una prescrizione antibiotica preventiva routinaria e l'efficacia stessa della pratica non è scientificamente comprovata: diversi studi hanno infatti confrontato gruppi di pazienti trattati con profilassi antibiotica e placebo, senza riscontrare differenze statisticamente significative.

Il crescente fenomeno delle antibiotico-resistenze impone prescrizioni corrette e ragionate. È risaputo che il numero degli eventi infettivi non giustifichi l'elevatissimo numero delle prescrizioni antibiotiche, che spesso medici e pazienti non osservino corretti dosaggi e posologia e che solo in metà dei casi venga prescritta la molecola corretta rispetto allo stato infettivo. In odontoiatria, la terapia antibiotica sfrutta molecole ad ampio spettro prescritte su base empirica, poiché non è quasi mai possibile procedere a un antibiogramma che identifichi la molecola più indicata. Tuttavia è fondamentale che la terapia antibiotica, quando necessaria, sia assunta a dosaggio pieno per sostenere una terapia d'attacco efficace e ridurre il possibile sviluppo di batteri resistenti.

La combinazione amoxicillina e acido clavulanico copre teoricamente l'intero spettro batterico che può sostenere le infezioni odontogene e costituisce quindi il farmaco di prima scelta. La seconda scelta, da prescrivere in caso di allergia o inefficacia della terapia di prima linea, è la clindamicina; l'uso di claritromicina, largamente utilizzata in passato, deve essere ridotto a causa delle crescenti resistenze sviluppatesi nei confronti di questo antibiotico.

Infine, particolare attenzione deve essere posta alle misure locali, capaci di ridurre il rischio di infezione della ferita chirurgica, come la pratica di disinfezione cutanea con iodopovidone, l'utilizzo di clorexidina pre e postoperatorio e la pulizia del campo operatorio.